Wariant PRESTIŻ programu jest wariantem wielostanowiskowym polecanym dla średnich firm posiadających wiele oddziałów, filii, sklepów. Ze względu na posiadane funkcjonalności na programie WAPRO MAG PRESTIŻ podobnie jak wariant BIZNES pozwala na pracę w jednym czasie na wielu stanowiskach, utworzenie dowolnej ilości użytkowników i nadanie im uprawnień. 
 
Wykorzystywany zależnie od potrzeb danej firmy może być postrzegany przez użytkownika np. jako wyłącznie program do fakturowania lub tylko do prowadzenia magazynu, jednak zawsze obejmuje wszystkie aspekty prowadzonej przez użytkowników działalności handlowej. Jest programem opartym na technologii klient- serwer co oznacza że składa się z dwóch części: bazy danych Microsoft SQL Server w wariancie Express Edition którą otrzymujemy bezpłatnie oraz z aplikacji użytkowej WAPRO MAG. Wszystkie wprowadzane w aplikacji dane trafiają do bazy danych z którą aplikacja musi być połączona.
Program WAPRO MAG PRESTIŻ został zaprojektowany dla firm prowadzących swoją działalność nie tylko na terenie Polski, ale również zagranicą – wspiera obsługę wewnątrz unijnego oraz poza unijnego obrotu towarowego. To co wyróżnia ten wariant programu WAPRO MAG to moduł kompletacji produkcji, możliwość wygenerowania dowolnej liczby własnych zestawień za pomocą kreatora zestawień, a także tworzenia własnych raportów w oparciu o program Crystal Reports. Kolejnymi cechami wyróżniającymi ten właśnie wariant są Moduł Ofertowania oraz Moduł Akcyzowy.
Instalacja: Jednostanowiskowa lub wielostanowiskowa. Koszt zakupu każdego kolejnego stanowiska WAPRO MAG PRESTIŻ wynosi 1720,77 zł brutto. Koszt zakupu pierwszego i każdego kolejnego stanowiska programu WAPRO MAG PRESTIŻ PLUS wynosi 1966,77 zł brutto.